AlphaFold voorspelt vrij aardig hoe eiwitten vouwen

CASP13: eiwitstructuurvoorspelling

Schaken of go zijn inmiddels ‘makkies’ voor de kunstmatige intelligentie van DeepMind (een Googlebedrijf). Dat deed met het algoritme AlphaFold mee aan de dertiende bijeenkomst van de kritische beoordeling van structuurvoorspelling (CASP in Engelse afko). Dat is een tweejaarlijkse wedstrijd om algoritmes structuren van eiwitten te laten voorspellen van eiwitten waarvan de structuur al bekend is maar. nog niet gepubliceerd. AlphaFold, die voor het eerst meedeed, ging er meteen met de beker vandoor en liet 97 concurrenten in verwarring achter.

Hoe lagen de verhoudingen? Van de eiwitten waar geen andere gegevens bekend van waren, 43 van de 90, maakte AlphaFold de beste voorspelling van de eiwitstructuur in 25 gevallen. Nummer twee was de beste in drie van de 43, al moet gezegd worden dat dat gat groter was dan gerechtvaardigd. Gemiddeld scoorde AlphaFold 15% beter dan de concurrentie.

Ziektes

De structuur van een eiwit is erg belangrijk. De functie van een eiwit en de juiste structuur zijn nauw met elkaar verbonden. Verschillende ziektes zijn het gevolg van misvormde eiwitten. Vaak wordt de structuur van eiwitten bepaald door röntgenkristallografie. Daartoe moeten het eiwit wel uitkristalliseren en dat lukt lang niet altijd.

Een eiwit is een aaneenschakeling van twintig verschillende aminozuren. Zo’n tien jaar geleden was ik hoogst verbaasd dat computers die structuur niet simpelweg konden uitrekenen (maar ik ben dan ook een leek op elk gebied). Nu lijkt het er op dat een ‘groentje’ op dit terrein heel behoorlijk scoort.¬† Dat zal in de toekomst alleen maar beter gaan.

Bron: Science

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *

Deze website gebruikt Akismet om spam te verminderen. Bekijk hoe je reactie-gegevens worden verwerkt.